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与打架的还有自己的儿子丁蕙蘅（时为候补道员）和侄子丁继祖，后来知道事情经过后，后悔莫及，但也无可奈何。
朝廷将案件交给了两江总督马新贻处理。马新贻接案后，倒也十分认真地秉公处理，但丁蕙蘅始终不肯来江宁投案，派人前去传唤，丁日昌则推托说儿子夜里越墙逃匿，不知去向。而实际上，许多人亲眼见到丁蕙蘅在巡抚衙门进进出出，毫无顾忌。这期间，丁日昌多次向马新贻请托，希望他高抬贵手。马新贻摆官架子，认为丁蕙蘅拒不投案是故意藐视自己，又因丁日昌是曾国藩亲信，十分警惕，置之不理。
由于丁蕙蘅拒不到案，此案拖了将近一年也无法结案。马新贻十分恼怒，决定强行结案，将丁炳、薛荫榜、丁蕙蘅、丁继祖等人都处以革职，并判出款一万两白银以安置死者。丁蕙蘅仗着父亲是江苏巡抚，坚持不肯归案，马新贻也有办法处理，上奏请交朝廷议处。
四十天后，马新贻遇刺。最可疑的是，马新贻遇刺当天的阅射，按照惯例总督和巡抚都要参加，但江苏巡抚丁日昌却并未到场。他已经在刺马案发生前夕自苏州赶赴天津。不过，丁日昌赶赴天津却是奉旨所为。当时，曾国藩处理天津教案不力，被全国上下痛骂，曾国藩感到难以支撑，便上奏请求另派大臣赴津协同办案。于是清廷选中了有“洋务能员”之称的江苏巡抚丁日昌。六月二十八日，清廷下谕令命江苏巡抚丁日昌赴津办理教案，因其路远，难以速至，又命工部尚书毛昶熙先赴天津。
奇怪的是，丁日昌接到谕令后，没有立即赶赴天津，而是一直拖到七月十四日。当时，从苏州到达天津需要十天左右，也就是说，丁日昌是在马新贻遇刺前十天就离开了苏州，并且刚好在刺马案发生的前一天——也就是七月二十五日到达了天津。一下船，丁日昌便直奔直隶督署，与曾国藩密谈良久。正是在当天，江宁大雨，马新贻阅射未能成行。
第二天，七月二十六日上午，身在江宁的马新贻被张文祥刺杀于回府衙的路上的时候，在天津，曾国藩正赶去回访丁日昌，秘密交谈了近一天。
第三天下午，马新贻因伤势过重而死时，曾国藩正在午睡，还在日记中记录当时的心情是“心不能静”。丁日昌随后赶到直隶督署，二人又是一番密谈，直到深夜。
刺马案后，丁日昌一直滞留在天津，直到朝廷让曾国藩回任两江总督的上谕到达。当时曾国藩处理天津教案不当，“残民媚外”，备受中外抨击，回任两江总督能够将他从泥潭中拉出来，绝对是一件好事。但曾国藩与心腹反复商议后，决定以身体多病为理由，固辞两江总督。不料朝廷的态度十分坚决，有病也必须去两江。
曾国藩处理天津教案，其实是挺公正的，但当时那种汉人处处被洋人欺压的氛围之下，一代重臣也只能沦为了炮灰，为自己辉煌的履历表上留下了一记败笔。
1870年（同治九年）4、5月间，天津发生多起儿童失踪绑架的事件。6月初，天气炎热，疫病流行，育婴堂中有三、四十名孤儿患病而死，每天有数百人到坟地围观，挖出孩子的尸体查看。于是民间开始传言“外国修女以育婴堂为晃子，实则绑架杀死孩童作为药材之用”等荒谬谣言。
1870年6月20日，一名被居民扭送官府的匪徒武兰珍口供中又牵连到教民王三及望海楼天主堂。于是民情激愤，士绅集会，书院停课，反洋教情绪高涨。第二天清晨，天津知县刘杰带人犯武兰珍去教堂对质，发现该堂并无王三其人，也没有武兰珍所供的席棚栅栏，“遍传堂中之人，该犯并不认识，无从指证”。故证明，以为对教堂和仁慈堂的误解误会，但此时群众已经无从分辨真假。
回到刺马案上来，日复一日，刺马案的头绪也越来越多，盘根错节，牵涉太广。仅以上五种传闻，就牵扯上了回王、湘军、天地会、洋教士、陈国瑞、醇亲王以及丁日昌。
张文祥又一直反复在翻供，见着谁咬谁，审理案件的人又不敢用大刑，毕竟这事已经捅破了天，搞得全天下的人都知道了，上面又不停的在催问，是想弄清楚，也不想弄清楚，最后不得不草草结案，至于最后，大家谁都不知道谁是幕后的真凶，此案就那么不了了之。
同治十年（1871）二月十五日，离马新贻刺杀的日期--清同治九年（1870）七月二十六日，整整过了半年之后，曾国藩奉旨监斩，在江宁小营刑场将张文祥凌迟处死，并摘心致祭。马新贻四弟马新祐为了增加张文祥的痛苦，定制了一把刀、一把钩，交给刽子手作行刑之用。凌迟重刑，数十年难得一见，有人说只“扎八刀”，有点脔割的意思就行了，有人说要用“鱼鳞剐”，一片片细切。而张文祥则是介乎其间，用定制的钩子紮住皮肉往上一拉，快刀割切，钩一下，割一下，自辰至未，方始完事。
在残酷的处刑过程中，张文祥始终未出一言，视死如归，颇有英雄气概。他的名字却在史籍中被刻意改为“张汶祥”，“文”字加水，表示其江洋大盗的身份，有蔑视他的意思。
刺马案受到牵连的还有不少人。张文祥的儿子张长福时年十二岁，也受到牵连，被阉割后发往新疆为奴。其女张宝珍、张秀珍因许嫁已定，并不知情，各归本夫。督标中军副将喻吉三因疏于防护，被革去提督衔，降二级调用。把总唐得金等人均因失职罪名被斥革。
刺马案久审不能结案，刺客供词闪烁，主审官员含糊其辞，前后审案官员多达五十余人，每次奏结均疑点重重，无法自圆其说。所以一时流言纷纷，各种传闻迭起，飞短流长，更使得案情扑朔迷离。当年袁世凯年仅十五岁，竟然也十分好奇地去向参与会审的嗣父袁保庆（本为袁世凯叔父，袁世凯被过继给他为子）探询。