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仗，留在城中很不安全。
在何凯生带巴拉克总督去见克拉罗斯的这段时间里，林飞继续指挥部队向马尼拉全城扩展，7月9日下午5点，林飞部队占领全部马尼拉市区，自此，马尼拉战役宣告结束。
这场战役从6月13开始，到7月9日结束，历时27天，是整个菲律宾战争中持续时间最长、参战人数最多、动用武器种类最多的战役。
这场战役主要分为三个阶段，第一个阶段，林飞使用云爆弹攻击西班牙守军第一道堡垒，并派出步兵对第一道防线进行攻击，结果云爆弹大显神威，西班牙人精心准备的堡垒被攻破，林飞部队占领第一道防线。
第二个阶段，林飞使用攻心战术，对第三道防线内的华人士兵进行策反，使得大批华人士兵战场倒戈，这些士兵随后成了林飞的“第五纵队”。
第三个阶段，林飞运用炮兵，炸开马尼拉的城墙，派遣步兵部队进入城中展开巷战，在巷战的同时，还派出狙杀队、“第五纵队”对敌军后方进行袭扰，在多种战法之下，林飞最终攻克了马尼拉。
在这三个阶段的战役中，林飞部队共歼敌12000余人，俘敌3000余人，缴获大批枪支、子弹，缴获山炮四门，炮弹若干。林飞部队阵亡3000余人，有1000余人受伤，阵亡人数之所以比受伤人数多，完全是因为华夏帝国缺乏先进的医药和战场急救手段。
马尼拉战役的胜利，标志着华夏帝国从一个区域性小国向地区性大国的转变，为华夏帝国成为世界性大国打好了铺垫。
军事角度上，马尼拉战役最大的亮点就是云爆弹的使用，这是云爆弹第一次出现在人类战争舞台上，不过林飞把云爆弹列为了华夏帝国的绝密武器，所以世界各国都不知道华夏帝国拥有云爆弹。
林飞在得知部队占领全城之后立刻展开后续工作，第一步就是召回独立一团成员，重新给他们发放枪支，让他们组建城卫队，担任马尼拉城的警备工作，而林飞的主力野战部队，除第一旅第一团在城中留守之外，其余全部撤出马尼拉。
林飞这样做的目的有两个，一个是部队集结在城外，便于自己统一指挥，毕竟现在桑德斯总督还带着一些部下在逃，另一个是减少与当地人发生摩擦的可能性。
7月9日晚上6点，何凯生來向林飞报告：“陛下，巴拉克总督和克拉罗斯已经见面了，密谈了良久。”
林飞笑了笑，问道：“巴拉克总督和克拉罗斯怎么不來见我，”
何凯生答道：“那个克拉罗斯说了，在大英帝国的战舰到來之前，他不会再见您了。”何凯生说完之后面露忧色，小心翼翼地问道：“陛下，大英帝国的战舰要是真來了，我们怎么应付，”
林飞神秘地笑了笑，说道：“你放心吧，我自然有办法。”
何凯生也不多问，去忙自己的工作了，林飞则继续安排后续事务，他派遣总参谋长李明白代表自己进驻马尼拉总督府，然后在总督府宣布，，华夏帝国正式取代西班牙帝国，成为马尼拉的统治者。
李明白在林飞的指示下，于7月9日晚上9点发布公告，华夏帝国马尼拉特别市临时市政府正式成立，由李明白担任特别市市长，取缔一切西班牙政府机构，为维持市内稳定，原有西班牙法律维持不变。
特别市市政府一成立，林飞和李明白等人都十分紧张，因为他们担心城内的西班牙人起來反抗，就像当初武端城那样，而且马尼拉的人口大约有六十万，其中华人人口仅有二十万，西班牙人一但爆发骚乱，麻烦将比武端城大得多。
于是林飞命令各个部队全力戒备，不过城中的居民并沒有出现大的动乱，这让林飞很庆幸，渡过一个平静的夜晚之后，7月10日上午7点，特别市市政府的各项工作相继展开，主要工作是稳定市场，接收西班牙人的财产。
接收工作也进行得非常顺利，西班牙人的银行、工厂、弹药库等等都进入了林飞囊中，接收过程沒有出现大规模的骚乱，只有一小部分西班牙人进行了抵抗，不过林飞手中握着军权，那些敢抵抗的西班牙人都被林飞消灭。
林飞接收财产的行为引起了克拉罗斯的极大不满，他多次会见林飞，每一次都气急败坏地咆哮：“你们现在抢夺西班牙的财产，是对大英帝国的挑衅，大英帝国不会饶过你的。”林飞面对克拉罗斯的咆哮，却毫不在意。