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张之洞、谭仲麟，边宝泉等相继函嘱刘永福坚守，答应源源接济饷械物资等。
刘永福内新受台民热诚所感动，同时又能得到祖国大陆的支援，便以帮办台湾军务的名义主持大局。六月，台南数千军民集会，刘永福率十七名文官员登台歃血誓盟，盟书十七款，有关战守、财经、奖惩等事宜。在盟书里，反映了刘永福等将领的爱国爱民思想，守土抗敌的决心，民主团结的作风。军民公推刘永福为军统，台南总兵杨泅洪为分统，指挥台湾的军事。又选举七名委员组成议院，谘商政事和财务。
台南抗战中心虽然建立，但却面临着一系列复杂问题。
首先由于清廷传谕各官内渡，文武官员纷纷向刘永福缴印辞职，军队也缺员严重。刘永福本着去留自愿原则，擢选了一批忠勇之士担任黑旗军、新楚军、镇海军以及台中、台南义军的统领和管带。委任了一批自愿留台的文官，充任台中、台南两有八县的官员。经过整顿后，台湾军民团结在刘永福黑旗军的周围，安定了社会秩序，重振了人心。但严重的问题在于经济。
由于台北财富之区丧失，藩库、军械局、兵工厂尽落敌手，台中、台南贫困，不足养战，饷械的补充还必须依赖于沿海官民的支援，但是清朝却下达了禁严令，加上日军舰队的拦截，只能少量暗中接济。刘永福想方设法就地筹晌，盘点库存银二十多万发行钞票二十五万元，发行邮票得数千元，动员凤山盐商捐军响得十一万元，总数约五六十万。当时台湾驻军、义勇近百营，每月需饷十七万两，加上政费、杂费开支，这笔钱仅可支持两三个月。
八月，日本增兵两万到台湾。一面派兵舰骚扰台南各港，牵制黑旗军北援。主力则从新竹分三路南下台中进迫府城彰化。为了配合军事进攻，桦山致书刘永福，威迫他停战撤兵，日本负责用船“礼送还国。”刘永福却回信驳斥，同时他加强了台南沼海的防务，筑炮台，挖陷阱，装竹签，防敌登陆。月初，派遣四营黑旗军进援台中，连他的亲兵七星队和新装备起来的旱雷兵也源源派赴前线，稳定了台中地区纷乱的局面。
黑旗军的阵前主将叫吴彭年，祖籍浙江，流离广东，充当刘永福的文案，主动请求领兵救援台中，他组织前线各军扼守彰化北面十里的大甲溪，和日寇隔溪大战，当时正好有一队日本粮船开进溪来，黑旗战士冒着枪林弹雨，跳进河中俘获两艘敌船而回。
八月二十三日至二十八日，两军隔溪大战，黑旗军不负众望，一上阵就锐气百倍，这支训练有素的精兵，表现出熟练的战术动作和勇敢精神，使得敌人惊愕，友军赞叹。这一仗日军伤亡惨重，被俘多人，大败奔入山内。吴彭年自然是率兵追杀，封锁住山口，准备聚而歼之。
但是刘永福在接到捷报，却拍案惊叫：“书生误事矣！”
他知道内山有小路通彰化城外的八卦山，吴彭年可以说是完全中了敌人的奸计。刘永福立即电令全军退守八卦山，急派王德榜率军四营驰援彰化。果然，日军以汉奸引路，二十九日抄袭八卦山，排炮连翻施放，步兵满山遍野往上攻；守军死守不退，在山道上和敌人展开肉搏战，主将吴彭年、吴汤兴阵亡，七星队全部殉国。彰化城内汉奸树起白旗，日军冲进城内，黑旗将士多在巷战中牺牲。
就因为这一战，黑旗军在彰化决战中精锐尽失，但却表现出败而不馁的顽强精神。
八月三十一日杨洒洪到前线督师，兵不满五百，到嘉义后就夜袭大林甫，日寇全军溃奔，杨在追擒日酋时中弹身亡。刘永福来到嘉义，组织反攻彰化，以肖三发、王德标为主将，招编绿林简成功、叶义成、黄荣帮参加抗战，围歼他里雾日寇，收复云林县城，重振声势。
日寇本想乘战胜之威形成破竹之势，遇到这样的情况，也被迫收缩兵力，谴守彰化。这时刘永福推行联庄法，“一庄联十，十庄联百，由台南联至台中，由台中暗联至台北。侨至则协力攻侨，屡去则严查土匪。只待粮铜筹足，即约台北同时并举。”
此时台湾抗战可以说是有了转机。
但是财政状况继续恶化，八月间各军已无晌银，仅发伙食，到九月连伙食也没有了。刘永福扫库得银八千两解济前线，途中被土匪劫去三千。刘永福派人向沿海督抚哭求援助，去根本无人回应。质问张之洞，张之洞却说这是刘永福自己的擅自举动，根本就和朝廷没有半点关系。
这位保台运动的策动者，为了自己的乌纱帽，翻脸食言了。
刘永福仰天长叹:“内地诸公误我，我误台民。”
此电一传开，市面上拒绝使用民主国的银票，台南经济崩溃。肖三发召集前线诸将商议，与其饿死，不如战死，舍命夺彰化以求活路。这支衣衫槛缕的饥军，肉搏攻城两天，前仆后继，黄荣帮倒下，林义成重伤。
十月上旬，日本为了避免引起国际干涉，决心一举解决台湾问题，调集陆军五万，战舰三十多艘，实力与黄海海战相当，分水陆三路进攻台南。陆路从彰化南下，十月九日，台南门户嘉义陷落，肖三发阵亡，日近卫师团长能久亲王也被击毙。十日第二路日军在布袋咀登陆，十一日第三路日军在枋寮港登陆。日军进攻台南，遇到了黑旗军和当地居民的顽强抵抗。
但怎奈敌我力量十分悬殊，战线节节瓦解。
十九日台南城绝食，刘永福移驻安平炮台，仍亲自发炮击敌舰，但亲信们已为他安排了出走计划。
二十晚城内乱起，刘永福想要回城，却被收下拦住，然后大家将刘永福架上逃生艇，乘英轮爹利士号驶向厦门。日舰两次追来反复搜查，在船主掩护下，刘永福侥幸脱险。
刘永福出走时，黑旗军和台湾义军数千人还坚守在台南北面的曾丈溪一线，在日军的全线猛攻下，徐骥、柏正才、林义成血战阵亡，王德林、简精华突围而出，不知所终，全军玉碎。
可以说，刘永福的失败，是情理之中的。
对比越南中法之战，当时刘永福是得到朝廷的支持的，后勤压力不大，而且在当地而言，越南国上上下下也信任他，给予了很大的帮助。而且法国人对于越南这边是完全不熟悉的，也亏得他们陆军强大，否则怎么死的都不知道。
但在保台抗日这一战中呢，首先朝廷就不支持刘永福的行为，不止一次的勒令他放弃台湾，他没听命令。结果就是军事支援没有，物资原著也是半点不见，加上日本人对于东亚这边的地形肯定要比法国人更加熟悉，而且都是黑发黑眼黄皮肤，出现内奸的几率也要更高一些。再说当时的台湾已经完全被当作了弃子，孤立无援的情况下，岛上军民如何是一整个国家的对手？
所以刘永福的失败，是完全能够理解的。
而且真以为赢了法国就算赢了？战争上赢了，满清却可笑的签署了不平等条约，明明是战胜国，却主动当了败者，实在是可笑。
若非曹岩现在已经对争霸全球没什么兴趣了，他第一个就要把清朝上上下下这些人全部推翻，如果能够将刘永福收入自己的麾下，那就更好不过了。但是很可惜，他现在已经没有了继续争霸的心思，对于刘永福呢，他也是崇敬居多，但他已经不想和朝廷有任何瓜葛了，所以最终还是拒绝了黄飞鸿的推荐。
刘永福也没说什么，他也不过是看在黄飞鸿的面子上和曹岩聊一聊，确定曹岩确实不愿意进入他的军队，他也完全不勉强。而且刘永福比较憎恨洋人，像是曹岩这样的假洋鬼子，他也看不上，之前也是因为黄飞鸿出面，他实在是不好拒绝。现在曹岩主动表示不愿意加入，他反倒是很开心呢。