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，不便插手纷争，且更碍于与玄冥后土两女交好，故未插手妖巫之争。
通天更是独来独往，对独霸两界毫无兴趣，自己创建了魔教，世人称为通天教主，也没有插手妖巫之争。通天不插手，也代表了三清的态度。三清跟祖巫都为盘古所为，太一也是盘古师弟，手足不相残。不过由于仇恨已经扩大，三人也不制止。
剩余十大祖巫、大巫九凤和另一位强横古大巫一同，运转十二都天神魔大阵，对抗妖族摆下的周天星斗大阵，以阵破阵。
由于水火二神早已陨落，十二祖巫没有聚齐，无法凝聚出等同于盘古圣人肉身出手的威力，而东皇太一（即帝俊）又执掌东皇钟(天庭重宝混沌钟，妖巫大战，不知所踪)，羲和和常羲跟十大妖帝更是大显神通，所以巫妖双方斗了个旗鼓相当。众大巫也与众妖族众人捉对厮杀。
经此一战，双方偃旗息鼓。
树欲静而风不止！本来双方打算就此罢手停战，祖巫们更派大巫后羿负荆请罪，岂知羲和动用大阵彻底轰杀了后羿，连灵魂都没有逃出。
原来，帝俊娶月神羲和与常羲为妻，东皇太一帝俊拥有的大日金焰体质与羲和的太阴体质相结合生出了九阳属性的十金乌，十只金乌即是东皇太一帝俊与羲和之子。羲和痛失九子，悲痛交加，仇人到了门前，恨不得生吞其肉。
这一下，彻底激怒了十大祖巫。金乌的母亲羲和遭祖巫围杀身陨。女娲娘娘于是取混沌魔神伏羲尸首，在炼天炉中炼制而成一把绝世宝剑，由于羲和痛恨巫族，于是该剑被巫族命名为屠巫剑。由于后羿及羲和的死，妖巫两族大规模的大战彻底爆发。
一时间众神陨落，十大祖巫玄冥修为最强，与东皇太一连杀数位祖巫后与其同归于尽，妖巫俱损。十大妖帝大多身亡，剩余有的躲藏起来，有的归附魔教（如灵宝道君所创截教，被尊称为通天教主)，常羲手握屠巫剑横扫剩下的祖巫，各祖巫被常羲自爆尽数轰杀！
经此一战，东皇太一帝俊与祖巫俱身损，妖帝、大巫死伤无数。剩余残存者有的隐退躲藏，有的散落洪荒星辰之中迷失方向。许多巫族残存者退隐幽冥地府，妖族残存者退守婆娑世界。
巫妖两族由此势弱。两族同归于尽，自此没落，人族大兴。大战过后，巫妖两族彻底失去了争霸洪荒的实力，被迫退出历史舞台。人族修士在三皇治世，五帝为君后兴盛，开始了称霸太古洪荒的时代。
巫妖大战后人族大兴，各个天道圣人遂开派立教。太上老君所创的人教、元始天尊所创的阐教、通天教主所创的截教兴起。三清继承盘古字号，是为亲传师弟，三清各自所创的人教、阐教、截教合在一起称为盘古正宗，也称玄门，在地球更被后统称道教。其实风马牛不相及，通天的是魔宗，其余是仙宗。
大战之后，天庭的接引道人演沙门，立佛教，接引道人即为佛主阿弥陀佛，准提道人则为菩提祖师，后成为孙悟空的师父，其玩心大起，更到西方创办了上帝教，地球也称之为基督教，也就是西方人眼中的上帝。