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情打入地狱。
没有给碇源渡说遗言的机会，一发反转AT力场，碇源渡也变成了一滩橘子水。而碇源渡埋有亚当的手却在肯特手里。
伽娜塔将初号机里的罗素和碇真嗣全部恢复原样，碇真嗣再为男儿身。
“你们的选择，融合还是继续保持个体。”肯特问少年们。
碇真嗣想着初号机，心说如果融合就能见到妈妈么？心里有一点心动，不过他是不会融合的，因为他习惯了为他人考虑，为帮助凌波丽座上初号机，为拯救大家和使徒战斗，如果没有了其他人叫他怎么做，恐怕碇真嗣会陷入迷茫，他是最不希望世界上没有他人的人了。
罗素自然也不会融合，就算最后选择权就在手上。
最后是渚熏，他的炸弹线圈被肯特取下，似乎不相信肯特还愿意给他选择的机会。所以他做出了选择：“就算这个世界最后只有一个人值得生存的人类，那么这也是个美好的世界。”他看着碇真嗣说道，好像表白一样。碇真嗣的脸都红了，肯特转过脸去不看。
人类源于使徒却高于使徒，人类的精神和智慧来源于使徒却超越使徒，渚熏从碇真嗣这个弱者身上学会了人类的生存法则。
都拒绝了，肯特转向向莉莉丝的大肚子，对碇源渡的灵魂说道：“所以说了这个世界是属于年轻人的，你从一开始就输给了自己的儿子。”说着举起朗基努斯之枪一把将枪刺在了莉莉丝身上，继续封印。
碇真嗣对于自己老爸回到莉莉丝肚子里表示可以接受，至少现在他知道父母都在哪里了，有机会还能拜祭一下。
零号机，初号机，二号机，还有莉莉丝，以及神经元各个分部的量产EVA，全部被肯特封存，亚当则被伽娜塔直接吃掉了。这些危险的东西会成为影响世界格局的危险物品，被肯特公开交给了联合国的几个大国，核威慑变为了EVA威慑，新的纪元到来了。
而年轻的驾驶员们也变成了英雄，受到了全人类的关注。因为人类现在的和平是勇敢少年创造的奇迹。
SEELE的秘密也逐一被公开，大家震惊于世界暗处的邪恶宗教组织，并组织了国际追逃小组，以美里和加持为首全面追捕SEELE的残党。
一声婴儿响亮的啼哭打乱了剑鞘飞船的生活，肯特的披风变成了婴儿的襁褓。
这是浅上藤乃和两仪式的女儿，现在终于成熟落地，她被命名为‘明日香·未来’。因为她的灵魂就是明日香的。
在超人要离开的时候，赤木律子申请成为飞船的一员，她希望去见识更广阔的世界丰富自己的知识面，当然也有可能只是单纯的逃避。肯特心说以后反正还会回来，带个本地科学家出去见见世面倒也不算问题，就同意了。
赤木律子还说要带上明日香同行，肯特心说奇怪，虽然不介意再赤木带助手，可是他对明日香的性格是很头疼的，老实说他并不喜欢傲娇角色。
不过既然不喜欢，那么就能调教一下，明日香就这样从头开始了。肯特美其名曰这是为了明日香能适应飞船的旅行，有伤疤的人不能进行旅行。明日香在最后一战瞎了只眼睛，正好成为了肯特恶作剧的理由。
变为婴儿的明日香是口不能言腿不能跑，只能乖乖地享受孩子的待遇，接受两仪式久违的笑容。面对新的生命，两仪式也再也不能板着脸了。