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这年秋，提升潘季驯为南京兵部尚书。
潘季驯又请求修复新集到小浮桥的故道，给事中王道成、河南巡抚周鉴等认为不可而停止。
从昊桂芳、潘季驯时起罢去总河之职不设，其后祇以督漕兼管河道。
高堰之堤刚刚建成，清口正畅通，流连敷年，河道没有大的水患发生。
到了十五年，封丘、偃师、束明、长垣之堤多次被冲决。
大学士申时行奏道：“黄河决口之地在三省交界之处，守臣划地分别修筑，容易互相推诿。
河道没有大量毁坏，不必设立都御史，应当派遣有气概魄力老成持重的给事中一人去治理河道。”于是命工科都给事中常居敬前往。
常居敬请求修筑大社集束到白茅集长堤一百里。
依从他的请求。
当初，黄河由徐州小浮桥流入运河，其河水深而且接近两河交汇处，能冲刷河道以使河床加深，利于漕运之道。
后来，渐渐改道沛县飞云桥和徐州大、小溜沟。
到了嘉靖末年，在邵家口决堤，在秦沟流出，由浊河口流入运河，河水浅，迫近茶城河，茶城河一年年淤塞，漕运之道多次受妨害。
万历五年冬，河水又向南奔流，从小浮桥故道流出，不久又堵塞。
潘季驯堵塞崔镇决口时，厚筑堤岸约束河水回到漕河。
随后河水上涨，河臣就加高堤岸，而河床一天天增高。
于是督漕愈都御史杨一魁想恢复黄河故道，请求从归德以下丁家道口疏通到石将军庙，让河水依然从小浮桥流出。
又说：“善于治水的人，用疏通不用堵塞。
近年以来，堤上加堤，水高凌空，不仅超过额头。
滨河城郭，决水可灌注。
应当测量河床深浅，随处疏凿，而在黄河分流故道，设立碱水石门以泄暴涨河水。”给事中王士性则请恢复老黄河故道。
大略说：从徐州城以下，黄河河床一天天增高，而用修筑堤防来约束它，堤防与徐州城一样高。
约束更加急迫，水流更加迅速，放全力于淮而淮不能承担。
所以，以前黄、淮汇合，现在黄强而淮更加退缩，不再汇合了。
黄强而一打开天妃、通济诸闸门，那么，灌注于运河，水势就像高屋建瓴。
高、童一旦被阻塞，江南的漕运因此就会废弃。
淮水退缩则退而侵入泗水。
为了祖陵的安全考虑，不得不修筑石堤来保护它，堤岸加高河水就更高，从根本上说很值得忧虑。
黄河到清河一共四道转折然后流入大海。
淮安、高、宝、盐、兴数百万百姓的生命寄托于一丸泥土，一旦溃决就全部成鱼虾了。
众多的主张，有的想茌泗州加高堤岸，有的想开通颜家、灌口、永济三河，南边修治高家堰、北边修筑滚水坝。
总的不如恢复黄河故道，成为一劳永逸的办法。
黄河故道由三义镇到达叶家冲与淮水汇合，在清河县北另有济运河，在县南只是支河而已。
黄河强力争夺支河，直奔县南，而自己舍弃北流的河道，然而河床本来存在。
从桃源到瓦子滩共九十里，地势低下不耕种，没有房舍坟墓的障碍，虽然开凿河道耗费巨大，然而故道一旦恢复，带来的便利没有穷尽。
主张都没有确定。
常居敬及御史乔璧星都请求恢复专设总理大臣。
于是又命潘季驯为右都御史总督河道。
当时，皇帝听从常居敬的意见，停止恢复老黄河的主张，而潘季驯到达任所，说：“新集故道，年老的人说如‘铜帮铁底’，非常坚固，应当开通，但今年费用不足，耗费又很多，不能匆忙进行。”又说：“黄河水浑浊而强大，汶、泗的水清澈而弱小，交汇于茶城。
夏秋之季黄水上涨，则倒灌入漕河，泥沙沉下而淤积，势必造成堵塞。
然而黄水一旦下落，漕水立即跟从，泥沙随水冲去，不必疏浚而自通，即使有的地方阻塞，也不过十天左右。
以前修建古洪、内华二闸门，黄水上涨就关闭闸门以阻止浊流，黄水下落就打开闸门以放纵泉水。
近来，常居敬又增建镇口闸，距河愈近，则排放或阻止愈容易。
但是，应当严格开关闸门的法令如同清江浦三闸门之法，则是河渠永久的依靠。”皇帝正委任潘季驯，即刻依从他的意见，停止恢复故道的主张。
不久，水患更加严重。
万历十七年六月，黄河水暴涨，在兽医口半月形堤决口，漫过李景高口新堤，冲入夏镇内河，毁坏良田房舍，淹役百姓不计其敷。
十月，决口被堵塞。
十八年，更加泛滥，徐州河水积在城中一年多。
许多人主张迁移川城改变黄河水道。
潘季驯疏凿魁山支河以使畅通，从苏伯湖到小河口，积水纔消退。
十九年九月，泗州发生大水，州治所淹没三尺，居民十分之九被淹死，渐渐殃及祖陵。
而黄河又在山阳决口，江都、邵伯又因湖水下注，良田房舍被淹没损坏。
工部尚书曾同亨上奏其事，议论的人纷纷而起。
于是，命工科给事中张贞观前往泗州勘测水势，而依从给事中杨其休的主张，放潘季驯退休归家，任用舒应龙为工部尚书总理河道。
万历二十年三月，潘季驯将要离任，撰文向上陈述辨别疑惑的六件事，极力申说黄河不能在两条河道中流，新河不应当开凿，支渠不应当疏通。
又著书叫做河防一览，大意在于筑堤阻障黄河，约束河水流归漕河；筑堰阻挡淮水，迫使淮水注入黄河。
让清水冲刷浊水，泥沙随水而去。
合流则水流急速，急速则能清除淤泥而使河床加深；分流则水流缓慢，缓慢则停滞不畅而使泥沙淤积。
上游水流湍急之后，那磨，海口自然就会打开而不需要对其进行开凿。
他的治理河堤的办法，有修筑缕水堤以约束其水流，有修建逼堤以缓和其水势，有建立滚水坝以减弱其怒涛。
办法很详备，说得很明白周到。
然而，正当遭时，河水横流，徐、泗、淮、扬之间没有哪年不遭受水灾，祖陵也遭受水害。
潘季驯说水必定会自行消退，随后没有证验。
于是潘季驯无话可说，主张不得通行，从而分流黄河引导淮水的主张由此兴起。
张贞观到达泗州后说：“臣去拜祭祖陵，看见泗州城如同水上漂浮的器皿，器皿中的水又满。
祖陵从神路到三桥、丹墀，没有哪一处不遭受水害。
而且高堰的危险如堆积的鸡蛋，又是高、宝隐藏的祸害。
现在想排泄淮水，应当把排除海口的泥沙作为第一事宜。
然而，排泄淮水还不如减缓黄河之水水势，而在黄河之水与淮水汇合处碱缓水势，不如在没有汇合之前减缓水势，但是，在汇合处碱缓水势与运河没有妨碍，在没有汇合之前减缓水势对运河稍有妨碍。
区别标与本，明白利与害，一定应当在没有汇合之前减缓水势。
至于扩大入海的河道，则从鲍家口、黄家营到鱼沟、全城左右，地势很低，似乎应当因势而利导它。”张贞观又同舒应龙和总漕陈于陛等说：“淮、黄共同奔趋的地方祇有大海，而淮水经由黄河到达大海的通道只有清口。
自从海口淤沙疏通没有一定的期限，因而河床一天天增高；自从河水倒灌不停，因而清口一天天被堵塞。
所以造成淮水上淹祖陵，漫流到高、童，而兴、泰漕运河道的堤岸也被冲决了。
现在建议排除清口的淤沙，并且在清口上游十里处分出黄河的支流，离口不远，不至于造成运道阻堵。
分支流于上，又汇合于下，则冲刷海口之力就集中。
汇合一定在草湾之下，恐怕它又会冲坏主河，成为淮城的祸患。
堵塞鲍家口、黄家营二决堤，又担心会横冲新河，散流不能归入河道。
两岸都有堤防，则东北清、沭、海、安低下之处就不担心溃决了。
总计耗费一共三十六万多。
假若海口的堵塞，则不能看到潮汐的边际，难以施用箕畚铁锹挑挖。
只有淮、黄合流束下，河床纔能被冲刷而渐渐加深，海口纔能被冲刷而逐渐打开，也是事理所必然的结果。”皇帝完全依从他们的请求，于是选择在清口上游的北岸，开通腰铺支河达于草湾。
不久，淮水自决于张福堤。
直隶巡按彭应参说：“祖陵，估计是没有忧虑了，但边境之东正防备倭寇，应当暂时停止治河工程。”工部商议让河臣仔细谋划。
舒应龙、张贞观说：“为了祖陵长远考虑，支河实在是不能允许停下的工程，请求等到明年春天倭寇警报停息再进行。”这件事情于是停止。
二十一年春，张贞观回朝报告职任完成情况，建议开通归、徐到小河口河道，以拯救徐、邳的泛滥；引导浊河流入小浮桥故道，以排除镇口的水患。
下发到总河会官集中商议，没有议定。
五月，天下大雨，黄河在单县黄蝈口决堤，一从徐州出小浮桥，一从旧黄河到达镇口闸。
邳城陷于水中，高、宝诸湖堤决口不计其数。
第二年，湖堤决口完全堵塞，而黄河水大涨，清口泥沙淤积，淮水不能束流，于是挟带上游阜陵谙湖水与山溪之水，突然淹没祖陵，泗城被淹没。
二十三年，又决堤于高邮中堤及高家堰、高良涧，而水患更加紧急了。
在比之前，御史陈邦科说：“加固堤防约束河水没有收到冲刷泥沙之利，而反倒导致冲决河堤。
应当采用疏通的方法，其方法有三。
冬春时节河水枯竭，令沿河捞浅民工趁这时捞浅，则泥沙不停而去，这是其一。
官船民船往来，船尾全都系上铝犁，趁着风势清除，则泥沙不停而去，这是其二。
仿效水磨、水碓之法，设置为木机，趁着水势滚荡，则泥沙不停而去，这是其三。
至于淮河，一定不可不汇于黄河，所以高堰绝对不可舍弃。
湖水溢出必然会损害堤防，所以周家桥溃决之处一定不可打开。
已经舍弃的河道必然淤满泥沙，所以老黄河、草湾等处一定不可恢复。”奏章下到所司商议。
户部郎中华存礼则请求恢复黄河故道，并且疏通草湾。
然而这时，腰铺还没有开通，工部侍郎沈节甫说：“恢复黄河故道不可轻率议论，至于其它各种办法都仅仅是补偏救弊罢了，应当全部停止。”于是召舒应龙返回工部，这时是万历二十二年九月。
不久，给事中昊应明说：“以前因黄河改道无常，修筑迁、缕二堤束水归入漕河，等到水过沙停，河床一天天增高，徐、邳以下居住的百姓完全在水下面。
今清口以外则是黄水被阻拦，清口以内则是淤沙拦阻，迫使河水横灌上游大约一百里左右，淮水只是在沙上的浮水，而堵塞蓄积在盱、泗之处的就成为祖陵的祸患了。
张贞观所主张腰铺支河应归入草湾，或者从清河南岸另开一条小河到骆家营、马厂等地，流出汇合于大河，修建闸门适时开关，一遇运道水浅，就航行于这绦河，也是办法中的最便捷的一种。”至于治理泗水，则有主张开通老子山，引导淮水流入大江的。
应当设置闸门按时开关，拆除张福堤然后筑堤于清口，使黄河水不向南流。
工部商议下达到河漕诸臣会同勘测。
直隶巡按牛应元因去拜祭祖陵，亲眼见到河水的祸患，绘成地图呈上，于是上疏说：黄河增高，淮河淤塞，开始于嘉靖末年，河臣开凿徐、吕州百步洪、吕梁上下二洪的巨石，而泥沙一天天淤积，河床一天天增高，河堤溃决从此开始。
主持治河的人没有计划恢复它，只在两岸修筑长堤来约束，这叫做缕堤。
缕堤又溃决，又在数里之外修筑重堤来防御，这甽做迁堤。
虽然年年决堤年年修补，但是谁也没有什么更好的办法了。
黄河、淮河互相汇合，原来始于清河北二十里的骆家营，又转而向东到大河口汇合于淮河，这就是所说的老黄河。
陈管顺着它的迂回曲折，从骆家营开通一条支河，成为现在的河道，而老黄河就被淤塞了。
万历年间，又开通草湾支河，黄河舍弃故道而直奔新河，以致清口互相汇合之地，二水互相对抗，淮水不能胜过黄水，则流入各闸门口，淮安军民在各闸门口修筑一道土堤来防御它。
随后黄水、淮水突然大涨，水退沙停，清口于是淤塞，现在所说的门限沙就是这里。
主持治河的人不想挑挖门限沙，就沿着土堤修筑高堰，东西绵延六十里，舍弃整个淮河正流之口不治理，又将从旁边流入黄河的张福口一起筑堤堵塞它，于是河水倒流而成为泗陵的水患了。
前年，科臣张贞观主张开辟门限沙，裁去张福堤，他的重点又在支河腰铺的开凿上。
总之，整个河口的淤沙没有完全挖开，即使腰铺工程完成，淮水也不能流出。
何况下游鲍、王谙口已经溃决，难以施工。
哪里比得上恢复黄河故道，完全开辟清口的淤沙作为首要之事呢？并且祇疏通上游，不如选择科臣昊应明的主张，就在草湾下游疏通诸决口，使水从安东回到五港，或在周家桥酌量为其疏通，并且赶快堵塞黄蝈口，挖深萧、踢渠道，疏通符离浅阻。
到宿迁小河为淮水入黄正道，应当赶快疏通，使有所归附。
舒应龙说：“张福堤已经溃决百余丈，清口正在挖除淤沙，然而腰铺分流处的开通尤其不可停止。”工部侍郎沈思孝于是接着说：“老黄河从三义镇到叶家冲只有八千余丈，河道轮廓还存在。
应当赶快开通，则黄河可分为二，一从故道直达颜家河入海，一从清口汇合于淮，水患必定会自行停止。
请派遣有气概与魄力出科臣一人，与河漕诸臣确定一个治理的统一计划。”于是命礼科给事中张企程前去勘测。
然而因水患连续多年，终于没有完成计划，拖延时日，耗费巨大，罢去舒应龙的官职而为百姓，常居敬、张贞观、彭应参等都受到不同程度的申斥。
御史高举奏请：“疏通周家桥，裁去张福堤，开辟门限沙，建滚水石坝于周家桥、大小涧口、武家墩、绿杨沟上下，而在坝外疏通河道修筑堤岸，使水流行于地平面以下。
修改塘埂十二闸为坝，灌注闸外十二河，以便开辟入海水道。
疏通芒稻河，并且在靠近江边多建拦水闸，以扩大入江的水道。
这样，入海口一天天壅塞，则河中的泥沙一天天淤积，河床一天天增高，然而淮水也不能安流。
有灌口这个地方，比各口都大得多，而近日所溃决的蒋家、鲍家、畀家三口直接与其相合，应当深挖成河，使水从此处入海。”工部主事樊兆程也主张开辟入海口，于是说：“以前的入海口决不可以疏通，应当从鲍家营到五港口挖掘成河，让水从灌口入海。”全都下发到工部。
请一起委托张企程勘测商议。
这时，总管治理黄河的工部尚书杨一魁被弹劾，请求罢免，于是说：“清口应当疏通，黄河故道应当恢复，高堰不必修，石堤不必砌，减水闸坝不必用。”皇帝没有允许他辞官，而诏令他把全部心思用于办事。
御史夏之臣则说：“海口的泥沙不能劈开，草湾河道不必疏通，腰铺新河四十里不必开通，云梯关不必开辟，祇应当赶快挖开高堰，以拯救祖陵。”又说：“历年以来，高良涧土堤每遇夏秋之季就被冲决，大涧口石堤每遇汹涌之水就垮塌。
这是高堰存在，给高、宝带来的便利小；而高堰溃决，则给高、宝带来的危害大。
哪里比得上区分不同的主张而有区分地开通它，使其知道趋利避害呢？”给事中黄运泰则又说：“黄河下游不通畅，就仓猝开挖高堰、周桥以泄淮水，则淮水南下，黄水必定乘机追逐，高、宝之间完全成为池沼，然而，漕运河道中的月河必定被冲决。
倒不如疏通五港口，直达灌口闸门，以便流入大海为有利。”诏令一起进行勘测商议。
张企程于是上奏说：“原先，黄河没有给陵园带来祸患，从隆庆末年高、宝、淮、扬报告紧急情况，主持这事的人安于目前情势，清口已经淤塞，又筑高堰加以阻止，筑张福堤加以约束，阻挡整个淮河之水与黄河水比试高下，不料其水势不能抵挡。
等到后来用砖石加筑，淤塞更加坚实，整个七十二溪之水汇合于泅水，只保留数丈宽的一个决口为流出的通道，流出的只有十分之一，停留的十分之九。
河床一天天增高，流水一天天被壅塞，淮水一天天更加不能流出，然后积聚之水一天天逐渐加深，怎磨能不倒流向侧面泛滥成为泗州陵墓的灾害呢？今主张疏通淮河以使陵墓安全，疏通黄河以引导淮河的人，谈论这事每人主张不相同。
然而有人认为高堰应当溃决，臣认为是保护淮、扬的屏障，必定不可缺少。
不如在其南五十里开通周家桥注于草子湖，大量加以开凿疏通，一从金家湾流入芒稻河注入到长江，一从子婴沟流入广洋湖到达大海，则淮水上游一半就有排泄之处了。
在其北十五里开通武家墩，注入永济河，从审湾闸出口直到泾河，从射阳湖流入大海，那么，淮水下游一半就有归宿之处了。
这是尽快拯救祖陵的最适宜的办法。”恰好在这时，祖陵的积水已经消退，杨一魁上报，皇帝非常高兴，依然诏令诸臣赶快协调商议排泄的办法。
于是，张企程、杨一魁共同商量想分流减缓黄河水流以放纵淮水，另外疏通入海口以引导黄河水。
然而，督漕尚书褚鈇则以长江之北每年有灾祸，百姓不能承担大的劳役，想首先排泄淮河之水然后慢慢地商量分流黄河之水。
御史应元折衷他们的主张，说：“引导淮河形势有利而容易成功，分流黄河工程浩大而获利久远。
但是河臣所奏请也仅仅六十八万金，国家又何必吝惜于这些钱财呢？”御史陈烟曾经命令宝应，又担心周家桥已经开通，就把高邮、邵伯作为深壑，漕运河道、百姓财产和盐场全都遭受其害，上疏谏争，话语很激烈，大致意见是分流黄河为首要之事，而淮河不必过分治理。
并且想多开通入海水道。
让高、宝等湖的水全部束流，然后周家桥、武家墩的水可以注入。
然而，淮安知府马化龙又进献分流黄河的五难之说。
颖州兵备道李弘道又说应当开通高堰。
褚鈇于是根据这些上报。
给事中林熙春驳斥他，说：“淮河还是从前的淮河，而黄河不是从前的黄河。
在此之前，河床没有增高，而淮河还安静地流动，现在的河床已经增高，而淮河遭受倒灌之害，此引导淮河固然是为了淮河，分流黄河也是为了淮河。”工部于是覆奏说：“首先主张开通腰铺支河以分流黄河，因为倭寇的警报和天灾伤害而停止，于是留下今日之祸患。
今黄家坝分流黄河的工程如果又终止，淮河就会壅塞为害，谁承担其罪过？请命令治河诸臣引导淮河分流黄河，赶快行动。”回报同意。
万历二十四年八月，杨一魁动工，工役没有完成，又备文上奏分流淮河引导黄河事宜十件事情。
十月，治河工程宣告完成，直隶巡按御史蒋春芳上报，又备文上奏善后事宜十六件事情。
于是赏赐杨一魁等人各有差别。
这次工程，使用民工二十万，开通桃源黄河坝新河，起于黄家嘴，到达安束五港、灌口，全长三百余里，分泄黄河之水流入大海，以便抑制黄河强大的水势。
排除清口淤沙七里，建置武家墩、高良涧、周家桥石闸门，分流淮水三道流入大海，并且引其支流入江。
于是泗州陵墓的水患平息，而且淮、扬也安定了。
然而这时，杨一魁集中精力于桃、清、淮、泗之间，而上游支流单县黄蝈口的决口，认为不必堵塞。
褚鈇及蒋春芳都请求堵塞它。
给事中李应策说：“漕运之臣主管运粮，治河之臣主管工程，各人有各人的见解。
应当再让他们分析商议。”杨一魁说：“黄蝈口一支从虞城、夏邑连接殇山、萧县、宿州到达宿迁，出于白洋河，一小支分流萧县两河口，出于徐州小浮桥，相距不到四十里。
应当疏通与正河相汇，再使镇口闸裹湖的水畅通，与小浮桥二水汇合，则黄垌口就不必堵塞，而且漕运之道没有阻滞了。”依从化的主张。
于是，议定疏通小浮桥、沂河口、小河口以拯济徐、邳漕运河道，以排泄殇、萧漫流之水，垒好归仁堤以护卫皇陵。
这时，徐、邳又显露出清、泗漕运之道不畅通，褚鈇终究以此焉忧。
二十五年正月，又极力建议黄蝈口不进行堵塞，则整个黄河就会改道南流，灾害又会立即出现。
谈论此事的人也多害怕向下吞没归仁，带给二陵墓水患。
三月，小浮桥等决口补筑治理工程将近竣工，杨一魁说：漕运河道畅通，黄河改道不会互相妨碍，已经有了明显的证验。
只有议论此事的人以祖陵焉忧虑，请收求以前的事例来折服他们。
洪武二十四年，黄河在原武决堤，往东南流到达寿州流入淮河。
永乐九年，黄河向北流入鱼台n不久，又在南边决口，从涡河经过怀速流入淮河。
这时两河合流，经过凤、泗从清口流出，没有听说带给祖陵水患。
正统十三年，黄河向北直冲张秋。
景泰年问，徐有贞将其堵塞，—又从涡河流入淮河。
弘治二年，黄河又向北冲注，白昂、刘大夏将其堵塞，又向南流，一处从中牟到颖、寿，一处从毫州到涡河流入淮河，一处从宿迁小河口汇合于泅水。
整个黄河大量水势纵横于颖、亳、凤、泗之间，往下泛滥于符离、睢、宿，没有听说带给祖陵忧虑，也没有听说筑堤殃及归仁。
正德三年以后，黄河逐渐改道向北，从小浮桥、飞云桥、谷亭三道流入漕河，全都直奔徐、邳，出于二河，漕运河道虽然流通，但是泛滥实际上更加严重。
嘉靖十一年，朱裳开始纔有涡河一条支流中间经过凤阳祖陵不敢轻率行动的说法。
然而当时，仍然时而疏通祥符的董盆口、宁陵的五里铺、荣泽的孙家渡、兰阳的赵皮寨，而且有的决堤于睢州的地丘店、界牌口、野鸡冈，宁陵的杨村铺，全都流入旧河，从毫、凤流入淮河，南流的水没有断流，又何曾带给祖陵水患？嘉靖二十五年以后，向南流的故道开始完全堵塞，有的从秦沟流入漕河，有的从浊河流入漕河。
五十年以来，整个黄河完全出于徐、邳，直冲泗水流入淮河。
然而，主持这事的人正把次要的当作主要的，每天筑堤来限制它，从而致使河流一天天壅塞，淮水对抗不过黄水，返回向内蓄积，于是留下盱、泗祖陵之水患。
这实际上是由于内永的蓄积，不是因为受外水的冲注。
万历七年，潘季驯开始担心黄水倒灌入小河、白洋等河口，挟带各河水冲注祖陵，于是修筑归仁堤作为保护的办法，又夸大其主张，称祖陵的命脉完全依赖于此堤。
经常听到他的主张的人，就怀疑黄蝈的溃决，向下侵蚀归仁，不知黄蝈一旦溃决，下游容易排泄，一定没有向上灌注的忧虑。
何况今小河不久就会竣工，引导河水再回故道，离开归仁更远，怎么还为不必要的忧虑担心呢？回报许可。
杨一魁已经开通小浮桥，在义安山筑堤，疏通小河口，引武沂泉拯济运河。
直到这年四月，黄河又在黄蝈口大决口，泛滥于夏邑、永城，从宿州符离桥流出到宿迁新河口流入大河，其中一半从徐州流入旧河拯济运河。
上游水枯竭，然而，义安约束河水的横坝又被冲毁二十余丈，小浮桥水流细小，徐州百步洪、吕梁洪之水宣告干枯，漕运河道阻塞。
杨一魁因而主张挖通黄蝈口向上到埽湾、淤嘴二处，并且大量挖深其下游李吉口北以下的浊河，拯救小浮桥上游敷十里的干枯河道。
又上奏说：“黄河向南迂回到韩家道、盘岔河、丁家庄，全都河岸宽一百丈，深超过二丈，就是铜帮铁底故道。
到刘家洼，然后多半往南流，到山西坡、永涸湖而成为深河，出于溪口流入符离河，也是故道。
只有徐、邳漕运河道之水浅少，所以首先主张开通小浮桥，再加以挖宽，一定会大大地为漕运河道带来便利。
于是想从黄垌挽回整个河道，必须挖深四百里淤塞的河床，修筑三百里南岸的长堤，不仅历耗费的钱财不能供给，私下担心后患不会停止。”御史杨光训等也主张挖深埽湾直渠，扩大拯济浊河的水流，和修筑山西坡归仁堤，与杨一魁的主张相合，惟独褚鈇有不同的主张。
皇帝命令依从杨一魁的主张。
杨一魁又说：“归仁在西北，泗州在东南，相距一百九十里，中间隔有重重山冈层层险峰。
而且归仁之北有白洋河、朱家沟、周家沟、胡家沟、小河口泄入运河，水势如高屋建瓴，不可阻挡，即使没有归仁，祖陵也不值得忧虑。
浊河淤塞，高出地面，曹、单之间宽一二百丈，深二三丈，尚且不可避免河水泛滥，徐、邳之间祇有一百丈，深只一丈多，徐州西面有浅到二三尺的地方，而夏、永、韩家道口到符离，河的宽深与曹、单相当，避高就下，是水的本性，河流所舍弃的地方，自古以来难以恢复。
况且运河本是凭藉山东诸泉水，不凭借黄河之水，只是应当仿照正统年间在徐州百步洪、吕梁洪的南北口修建闸门的做法，在镇口以下，大浮桥以上和吕梁下洪，以及邳州的沙坊，各修建石闸门，控制和排泄汶、泗之水，并且用小浮桥、沂河口二水帮助它，另外在镇口西筑坝拦截黄河，打开唐家口而注入龙沟，汇合于小浮桥流入运河，以断绝淤塞镇口的祸害，实为万全的计策。”回报许可。
万历二十六年春，依从杨光训等的主张，撤去褚鈇的职务，命令杨一魁兼管漕运。
六月，召回杨一魁掌管工部，命令刘束星为工部侍郎，总理河漕。
万历二十七年春，刘东星上奏说：“黄河从商、虞以下，经由丁家道口直到韩家道口、赵家圈、石将军庙、两河口，出于小浮桥下徐、旦二洪，就是贾鲁故道。
从元开始到我明朝水流束行非常顺利。
嘉靖三十七年，浊河改道向北，而此河便淤塞。
潘季驯主张再开通它，因为工程耗费太大而停止。
今黄河向东在黄蝈决堤，经由韩家道口到赵家圈一百余里，冲刷成为河道，就是潘季驯主张恢复的故道。
从趟家圈到两河口，直通三仙台新渠，长只有四十里，征召民工五万人来疏通它，一个多月就会竣工，然后大部分人挖通运河，小部分人挖通浊河，都可以节省人力物力。
只有李吉口故道曾经挖通又被淤寒，去年冬天已经挖通数里，前面的功劳难以舍弃，然而到镇口三百里如此遥远，不如赵家圈到两河口四十里这样近。
何况大浮桥已经建立闸门蓄积汶、泗之水，则镇口拯济运河也就不凭借黄河之水。”回报许可。
十月，治理成功，加封刘束星工部尚，书，杨一魁及其余官员也有不同的赏赐。
起初，给事中杨廷兰因为黄蝈的溃决，请求开通洳河，给事中杨应文也主张他的说法。
随后，直隶巡按御史佴祺又说到这件事。
刘束星已经开通赵家圈，又采纳大家的主张，开通洳河，因为地面多是沙石，工程没有完成而刘柬星生病。
黄河已经改道向南，李吉口淤积一天天增高，北面分支完全断流，而且赵家圈也一天天逐渐淤塞，徐、邳之间三百里，河水只有一尺多深，运粮船只被阻塞。
万历二十九年秋，工科给事中张问达上疏陈述这事。
适逢开、归发生大水，黄河水涨到商丘，在萧家口决堤，整个黄河完全往南流。
河床变成平坦的沙地，商人的船只在沙上搁浅。
南岸蒙墙寺忽然迁移到北岸，商、虞之地大多被淹没，水势完全直奔东南，而黄蝈断流。
河南巡抚曾如春上报，说：“这是黄河改道，不是决堤。”张问达又说：“萧家口在黄蝈上游，没有经商船只不能行驶于萧家口却能行驶于黄蝈以束的情况，漕运船只很值得忧虑。”皇帝依从他们的见解，将命刘束星勘查商议，然而刘束星已死了。
张问达又说：“漕运之道之所以被毁坏，一是因为黄蝈口的溃决，没有及时堵塞；更因为集中力量开通洳河，以致造成趟家圈淤塞断流，河床一天天增高，河水一天天浅少，而萧家口完全溃决，整个黄河冲破堤防流入淮河，水势殃及皇陵。
刘东星已经去世，应赶快增补治河之臣，及早商定长久之策。”大学士沈一贯、给事中桂有根都催促挑选治河之臣。
御史高举进献三个方法。
请疏通黄埚口以下旧河道，引黄河水注入到它的束边，完全堵塞黄蝈口，又阻止它南流，等到旧河道被冲刷加深，则一起堵塞新决之口。
其二耕是请开通洳河及胶莱河，而建议治河漕运不应该都委于一人，应当选择人分别担任其事。
江北巡按御史昊崇礼则请从蒙墙寺西北黄河弯曲的地方，开挖成直河，引水向东流。
并且疏通李吉口到坚城集的淤塞河道三十余里，又完全堵塞黄蝈以南的决口，使河流全都回到漕河。
工部尚书杨一魁选取昊崇礼的主张，而开挖直河、堵塞黄蝈口、疏通淤塞水道为主要的方法，而把开通洳河作为辅助方法，开通胶莱河为备用方法。
皇帝命令赶快挖通旧河，堵塞决口，又同时挖通洳河以备用。
下交山东巡抚巡按勘察胶莱河。
万历三十年春，杨一魁回复河抚曾如春的奏疏说：“黄河水势直奔邳、宿，请求从归德到灵、虹修筑汴堤，以阻止向南改道。
并且疏通小河口，使黄河水全部返归河道，则泛滥之水自会消失，祖陵可以无忧患。”皇帝赞许并采纳了他的主张。
不久，谈论此事的人再次上疏攻击杨一魁。
皇帝认为杨一魁不堵塞黄蝈口，导致洪水直冲祖陵，被罢斥为民。
又采用昊崇礼的主张，分别设立河漕二臣，命令曾如春为工部侍郎，总理河道。
曾如春主张开通虞城王家口，引导整个黄河东流归海，需要耗费六十万钱财。
万历三十一年春，山东巡抚黄克缜说：“王家口是蒙墙上游，上游已经畅通，则下游就不可往旁边排泄，应当及时堵塞蒙墙口。”依从他的奏请。
这时，蒙墙决口宽八十余丈，萱塑春所开通的新河不及它的一半，堵塞蒙墙然后注入新河，担心不能承受。
有进献计策的人说：“黄河水流既已回流，势若雷霆，藉其水势冲刷新河，浅的地方可以加深。”曾如春就下令放水，水襄全是泥沙，水流少而缓慢，随即淤塞。
夏初四月，河水突然上涨，直冲鱼、单、丰、沛之间，曾如春因为忧虑而死。
于是命李化龙为工部侍郎，替代他的职位。
给事中宋一韩说：“黄河故道已经恢复，皇陵、运河没有忧虑。
决口恐怕难以堵塞，应当深挖坚城以上水浅之处，又增筑徐、邳两岸河堤，使下游有地方容纳，则旧河可以堵塞。”给事中孟成己说：“堵塞旧河紧急，然而疏通新河更加紧急。”李化龙刚到来，黄河在单题蓝塞庄及曹县的缕堤大溃决，又在沛县四铺口太行堤溃决，注入昭阳湖，流入夏镇，横冲漕运河道。
李化龙主张开通洳河，连接到邳州直河，以避黄河决堤之险。
给事中侯庆远于是说：“洳河开通成功，则其它工程可以慢慢地谋划，只是不要放纵黄河流入淮河。
淮河通畅则洪泽之水减少，而陵墓自然会安宁了。”万历三十二年正月，工部回复李化龙的上疏，大致是说：“黄河从归德以下，汇合运河流入大海，其路有三：从兰阳取道考城，到达李吉口，经过坚城集，流入六座楼，到茶城然后流向徐、邳，这叫做浊河，是入海的中路；从曹、单经过丰、沛，到飞云桥，泛滥于昭阳湖，流入龙塘，到秦沟然后流向徐、邳，这叫做银河，是入海的北路；从潘家口经过司家道口，到达何家堤，经过符离，取道睢宁，流入宿迁，到小河口流入运河，这叫做符离河，是入海的南路。
南路接近皇陵，北路接近运河，只有中路既远离皇陵，又可以增加运河水，从前，管河之臣兴起开凿河道没有竣工，而河道的轮廓尚在。”于是，奏请开通洳河有六条好处。
皇帝依从他的主张。
工部尚书姚继可说：“黄河冲击改道，管河之臣主张在坚城集以上开通沟渠引导黄河，使下游疏通，又分出六座楼、苑家楼二路减缓其水势，既可以转移丰、沛的水患，又不至于使殇山之城成为沼泽。
开通洳河分流黄河，两大工程一起进行，请求赶快发放库金资助工程。”允许他的请求。
八月，李化龙上奏分流之河挖成。
其事全载于洳河志中。
加封李化龙为太子少保兵部尚书。
适逢李化龙遭亲丧等候代替，命曹时聘为工部侍郎，总管河道。
这年秋，黄河在丰县决堤，从昭阳湖通过李家港口，到镇口，往上注于南阳，而单县以前的决口又溃塌，鱼台、济宁之间平地成湖。
万历三十三年春，李化龙说：“丰地的溃决，是由于巡枧防守不严密，单地的溃决，是由于没有及早下埽护岸，然而全都是由于苏家庄的溃决而刊起。
南直、山东互相推诿，请分别惩罚各地防御河堤的守臣。
至于近年以来放慢修筑堤防而加紧疏通河道，河堤毁坏洪水泛滥，不责怪守堤的人不得力，祇是归结给挖河的人挖得不深。
黄河北岸从曹县以下没有流入张秋的水道，南岸从虞城以下没有流入淮河的水道，只有从徐、邳到达镇口成为漕运之道。
所以，黄河在北面的曹、郫、丰、沛之间决堤，则是从昭阳湖出于李家口，而漕运河道泛滥；南面在虞、夏、徐、邳之间决堤，黄河则是从小河口流到北洋河，而使漕运河道干枯。
今洳河已经修成，起于直河到达夏镇，与黄河隔绝，山东、直隶之间，黄河不能控制漕运河道的命运。
惟独朱旺口以上，决堤于单地则单地成为池沼。
决堤于曹地则曹地被水淹没，到丰、沛、徐、邳、鱼、殇，全部命运系于一道堤防，怎么可以暂缓修筑呢？到达中州剂隆口、铜瓦厢，全都是流入张秋的水道，孙家渡、野鸡冈、蒙墙寺全都是流入淮河的水道，一旦不可防守，则往北毁坏运河，往南侵犯皇陵，其危害甚大。
请求向西从开封，向东到徐、邳，处处设防，上从司道，下到府县，个个参与防守，差不多可以平息黄河水患。”于是，敕令曹时聘再去整治。
这年秋，曹时聘说：“自从苏庄一溃决，整个黄河向北流三年。
开初泛滥于丰、沛，随后使单、鱼变成池沼，陈灿进行堵塞没有成功，南阳的河堤全被毁坏。
今又往上灌注于整个济水，从侧面侵犯运河之道。
臣亲自前往曹、单，上看王家口新筑之坝，下看朱旺口北溃的水流，知道黄河很值得担忧的地方有三，而机会不可失去的地方有二。
黄河行堤溃决，水在平地泛滥，昭阳湖一天天淤垫，下游一天天淤塞，水从李家口流出一天天细小缓慢，水势不得不退却而向上泛滥。
泛滥于南，则孙家渡、野鸡冈都进入淮河故道，不能说蒙墙已经堵塞，而对皇陵没有忧患。
泛滥于北，则芝麻庄、剂隆口都流入张秋故道，不能说洳河治理已经完成，而对运河没有忧虑。
况且南边的夏、商，北边的曹、濮，其地更加低矮，其祸更加厉害，将其挽回更加不容易，不能说灾害只及鱼、济，而对百姓没有忧患。
从王家口到达朱旺，新疏通的河道尚在。
疏通其下游而从小浮桥流出，则三百里长河畅通，这是玎以利用的一个机会。
从徐州以下，清水黄水一起流动，泥沙随水冲刷，这种情况数十年来还没有出现过，因而引导河水回到徐州，容纳承受有地方，这是可以利用的第二个机会。
臣与诸臣仔细商议，黄河的中路有南北二支：往北出于浊河，曾经两次疏通又两次壅塞，只有往南到小浮桥，地形低下，其水势非常顺畅，测量长三万丈有余，估计耗银八十万两。
公家储备空虚，请求多方面供给。”奏疏呈上，留在宫中。
曹时聘于是大规模地挑挖朱旺口。
十一月动工，共享民工五十万。
三十四年四月，工程竣工，从朱旺到达小浮桥绵延一百七十里，渠宽堤厚，黄河返归故道。
六月，黄河在萧县郭暖楼人字口决堤，向北的支流到茶城、镇口。
三十五年，在单县决堤。
三十九年六月，在徐州狼矢沟决堤。
四十年九月，在徐州三山决堤，冲毁缕堤二百八十丈，遥堤一百七十余丈，盘林铺以下二十里主河道完全成为平坦的陆地，邳、睢河水干枯。
总河都御史刘士忠打开韩家坝外的小渠引导河水，因此，坝以束开始通行船只。
四十二年，在灵璧陈铺决堤。
四十四年五月，又在狼矢沟决堤，从蛤鳗、周柳等湖流入洳河，到直口流出，又与黄河相汇。
六月，在开封陶家店、张家銮决堤，从会城大堤流下陈留，流入毫州涡河。
四十七年九月，在阳武脾沙埕决堤，从封丘、曹、单到考城，又流入旧河道。
这时，朝廷政事一天天松弛，治河之臣的上书报告多不省阅。
四十二年，刘士忠死，总河之职经历三年没有补上。
四十六年闰四月，纔命令工部侍郎王佐督管治理河道。
黄河堤防一天天毁坏，主持这事的人不能有所治理。
天启元年，黄河在灵璧双沟、黄铺决堤，经由永姬湖从白洋、小河口流出，依然与黄河相汇，故道阻塞干涸。
总河侍郎陈道亨役使民工进行筑堤堵塞。
适时，淮安久雨连续十天，黄河、淮河之水突然上涨数尺，而且山阳里外之河及清河决口汇成巨大的湖泽，洪水灌入淮城，百姓像蜗蚁一样在城墙上居住，船只在街市航行。
遇了很久，纔堵塞决堤。
三年，在徐州青田大龙口决堤，徐、邳、灵、睢河一并淤塞，吕梁城南边溃陷，淤沙高出平地一丈左右，双沟决口淤沙也满，上下一百五十里全部成为平坦的陆地。
四年六月，在徐州魁山堤决堤，从东北灌入州城，城中水深一丈三尺，一从南门到云龙山西北大安桥流入石狗湖，一从旧支河往南流到邓二庄，经过租沟向东南到达小河，从白洋流出，仍然与黄河相汇。
徐州百姓遭受淹溺之苦，谋议集资迁城。
给事中陆文献上奏徐城不可迁的六条意见。
然而情势迫不得已，于是迁州治于云龙，黄河治理一事暂搁置不过问了。
六年七月，黄河决堤于淮安，逆流入骆马湖，注入邳、宿。
塞祯二年春，黄河在曹县十四铺口决堤。
四月，决堤于睢宁，到七月中旬，城墙全部垮塌。
总河侍郎李若星请求迁县城以避免水害，而打开邳州坝泄水注入故道，并且堵塞曹家口匙头湾决口，逼迫河水往北流，以减轻睢宁的水患。
依从他的请求。
四年夏，黄河在原武湖村铺决堤，又在封丘剂隆口决堤，毁坏曹县塔儿湾大行堤。
六月，黄河、淮河之水一起上涨，入海口壅塞，黄河在建义诸口决堤，往下灌注于兴化、盐城，水深二丈，村落全部被淹没。
拖延了一年，纔商议筑堤堵塞。
动工不久，夏秋洪水发生，黄河、淮河奔流，兴、盐成为沟壑，而海潮又逆流冲击，毁坏范公堤。
兵士百姓及经商的煮盐的人家被淹死的不计其敷，年青力壮的流亡各地，乞讨于江、仪、通、泰之间，盗贼成千成百的互相呼召聚集。
到崇祯六年，盐城百姓徐瑞等陈说悲惨的状况。
皇帝哀怜他们，命令惩治治理黄河的职官。
而这时，总河朱光祚正谋议打开高堰三闸门。
籍贯淮、扬的在朝官员联合上奏说：“建义诸决口没有堵塞，民田全部被淹没在水下。
三座闸门一旦被打开，高、宝等城荡涤成为湖海，而漕运粮盐赋税都遭受其害。
高堰建置闸门开始于万历二十三年，不久就全被堵塞。
今高堰一天天毁坏，正应尝赶快谋议进行修筑，可以轻率地说疏浚吗？”皇帝认为他们说得对，开闸之事就被停止。
又依从御史昊振缨的奏请，修筑宿、宁上下西北的旧堤，以护卫归仁。
七年二月，建义决口工程竣工，赐给督漕尚书杨一鹏、总河尚书刘荣嗣银两彩帛。
八年九月，刘荣嗣获罪。
原先，刘荣嗣因骆马湖运道演决淤塞，首创引流黄河的主张，从宿迁到徐州，另外开凿新河，分流黄水注入其中，使漕运畅通。
总计工程二百余里，耗费金钱五十万。
然而，其所凿邳州上下，全部是黄河故道，深一尺左右，其下完全是沙，挖掘成河，经过一夜泥沙沉下，河道低处又被填平，像这样挖掘河道多次。
等到引来黄河水注入其中，水流急速，泥沙随水而下，大都淤塞水浅不可以行船。
等到漕运船只到来，而骆马湖的溃决刚刚填平，行船之人都不愿意经由新河。
刘荣嗣自己前去督促他们，想用军法来约束。
有进入的船只总是苦于淤塞水浅，运粮军大都埋怨。
巡漕御史倪于义弹劾他欺骗误工，南京给事中曹景参又严厉弹劾他，于是被逮捕问罪，因贪赃获罪，父子都病死在狱中。
郎中胡理分工特多，也获罪而死。
这以后，骆马湖又溃决，船只行驶于新河，没有不思念刘荣嗣功劳的人。
正当这时，黄河水患一天天严重，而皇帝又用重法严惩下级官吏，李若星因为修筑河堤疏浚河道不力而被免去官职，朱光祚因为建义苏嘴二处决口而被逮捕拘囚。
六年之中，治河之臣换了多次。
给事中王家彦曾经直率地谈论遇此事。
朱光祚也最终病死在狱中。
而接续刘荣嗣职位的周鼎治理洳河便利于漕运很有功绩，在职五年，最终因为漕运船只受阻碍而获罪，采用原先决开黄河堤的旧例，被贬谪戍守南方姻瘴之地。
给事中沈胤培、刑部侍郎惠世扬、总河侍郎张国维各自上疏朝廷请求饶恕周鼎，纔获得赦免。
塞祯十五年，流贼包围开封很久，守臣谋划引来黄河水淹没敌人。
贼寇探听到了消息，预先做了防备。
趁水涨之时，令其党羽决开黄河淹没开封城，百姓全都被淹死。
总河侍郎张国维刚刚奉诏赴京，将情况上奏。
山东巡抚王永吉上奏说：“黄河决堤于汴城，直达睢阳，往东南注于鄢陵、鹿邑，必然危害于亳、泅，侵犯祖陵，而邳、宿运河必然干涸。”皇帝令总河侍郎黄希宪赶快前去护卫，黄希宪因为身居济宁不能管辖汴地，请特别设置重臣督理。
命工部侍郎周堪赓督修汴河。
塞祯十六年二月，周堪赓上奏说：“黄河的决口有二：一为朱家寨，宽二里左右，居于黄河下游，水面宽阔而水势平缓；一为马家口，宽一里多，居于黄河上游，水势汹猛，深不可测。
两决口相距三十里，到了汴堤之外，合为一条水流，决为一大口，直冲汴城而去，而黄河故道则干涸成为平地。
怒涛千顷，人力难以施行，必须大力疏浚旧渠，远达数十里，分别减缓水势，然后挖土运土纔可施行。
但是，筑堤挖河一齐施行，需要民工三万。
河北发生旱灾，兖州西面发生战乱，竭力供给，不满万人，河南万死一生的幸存者，不知道能否响应招募。
这不得不藉助抚镇的军队。”于是敕令兵部迅速议决，又令周堪赓限期动工。
到四月，已堵塞朱家寨决口，修堤四百余丈。
马家口工程没有完，河水忽然冲东岸，诸护堤之埽尽被冲走。
周堪赓奏请停止东岸工程而专力治理西岸。
皇帝令赶快竣工。
六月，周堪赓说：“马家决口一百二十丈，两岸都筑堤四分之一，中间间隔七十余丈，水深流急，难以施工，请等到霜降之后动工。”随后又说：“五月伏水大涨，故道沙滩堵塞处冲刷加深数丈，黄河水流的大势尽归于束，运道已通畅，皇陵无忧。”奏章刚送上，决口再次溃决。
皇帝催促聚集民工，没有等到取得成绩而明朝灭亡。